Według niektórych osób do wad większości laptopów zalicza się niewygodna, ich zdaniem, klawiatura i problemy ze sterowaniem kursorem oraz wzrost wagi wraz ze wzrostem funkcjonalności. Poważną wadą komputerów typu laptop/notebook jest znacząco wyższa awaryjność, wynikająca z niewielkich rozmiarów (duży stopień integracji, problemy z chłodzeniem) i narażenie na wstrząsy przy częstym przenoszeniu. Bardzo awaryjnym elementem są baterie (maksymalnie 2 lata) - tu producenci często deklarują wprost ich czasową wytrzymałość.

Obecnie produkowane laptopy pozbawione są także portu LPT i RS232, co stanowi poważny problem np. przy zastosowaniu komputera jako terminala dla serwisanta sprzętu sieciowego zarządzanego najczęściej poprzez port szeregowy. Dostępne przejściówki USB-RS232 nie współpracują z dużą częścią dostępnych urządzeń.

Komputery typu laptop posiadają także niższe parametry wydajnościowe od komputerów biurkowych, co wynika głównie z konieczności zapewnienia niskiego poziomu poboru prądu i zapewnienia chłodzenia (w komputerze stacjonarnym często ponad 100 W na procesor i kolejne 100 W na układ graficzny). Stosuje się spowalnianie zegara procesora i pamięci, niższej wydajności chipset, słabsze układy graficzne itd. Niższe wydajności mają także dyski twarde - stosuje się urządzenia 2.5" (czasem 1,8") ustępujące parametrami typowym 3.5" w komputerach stacjonarnych, ale posiadające większą wytrzymałość na wstrząsy,mniejszy pobór prądu, niższą temperaturę i głośność podczas pracy. W komputerach laptop nie spotkamy też np. najnowszych kart graficznych, dysków 10.000 RPM (najszybsze dyski w laptopach osiągają 7200 rpm, standardowe 5400 rpm) czy procesorów Extreme Edition.

Komputery typu laptop są bardzo trudne w rozbudowie i praktycznie nie nadają się do modernizacji poza standardowo przewidzianymi rozszerzeniami (jak np. rozbudowa pamięci, wymiana dysku twardego, dodanie(zmiana) karty WiFi, dodanie modułu Bluetooth, HSDPA). W najnowszych laptopach można wymienić procesor, ponieważ jest montowany w podstawkach, a nie wlutowywany w płytę główną jak w starszych modelach.